Der Bederkesaer See ist ein als Grundwasserblänke entstandener Flachsee mit einer maximalen Tiefe von 1,2 Metern. 1958-1960 erfolgte die Eindeichung des Sees. Das Einzugsgebiet des Sees beträgt 27,7 km2. Zuläufe sind der Ankeloher Randkanal, der direkt in den See mündet, der Falkenburger Bach, der über ein Schöpfwerk in den See entwässert und der Russengraben, der die Flächen des Holzurburger Waldes entwässert.
Der Bederkesaer See ist durch das stark stickstoff- und phosphorhaltige Wasser seiner Zuflüsse mit Nährstoffen belastet. Diese Nährstoffe sorgen dafür, dass der See durch erhöhtes Pflanzenwachstum zunehmend verschlammt und langfristig verlanden wird.
Rohrkolben (Typha angustifolia und Typha latifolia) filtert große Mengen an Nährstoffen aus dem Wasser, da er diese zum Wachstum braucht. Auf einem Flurstück östlich des Bederkesaer Sees soll im Rahmen des Forschungsprojekts RoNNi ein Rohrkolben-Polder angelegt werden. Hier wird u.a. untersucht, wie viele Nährstoffe der Rohrkolben dem Wasser entziehen kann.
